testdna.pl / Artykuły / Odpowiada ekspert ...

Co dzieje się z Państwa próbkami w laboratorium testDNA?

Odpowiada ekspert – mgr Barbara Prokurat, biotechnolog, dyrektor ds. operacyjnych testDNA Laboratorium sp. z o.o.

Po dostarczeniu próbek do laboratorium

Spis treści

Kiedy Państwa próbki zostają dostarczone do laboratorium, są ewidencjonowane. Co to oznacza? Państwa zlecenie otrzymuje unikatowy numer, a każdej próbce nadawany jest indywidualny numer (tzw. sample ID). Przy administrowaniu zleceniami korzystamy ze specjalnego, zwalidowanego oprogramowania, które zabezpiecza przed nadaniem tego samego numeru próbki czy zlecenia, a tym samym wyklucza możliwość zamiany próbek między zleceniami. Przestrzeganie określonych procedur to dla laboratorium codzienny obowiązek. Jedną z nich jest kontrola pracy przez drugiego pracownika, który asystuje podczas kluczowych etapów badania, a także odpowiada za prawidłową realizację zlecenia.

Jakie etapy przechodzą próbki w laboratorium?

Izolacja DNA

Wymazówki lub inne nietypowe materiały w pierwszej kolejności zostają poddane procesowi, który narusza ściany komórkowe i dzięki temu uzyskiwane jest DNA w czystej postaci. Na tym etapie wykorzystywane są odpowiednie odczynniki, inkubacje próbek w wyższej temperaturze oraz odwirowanie.

Amplifikacja DNA (reakcja PCR)

Ten drugi etap służy uzyskaniu większej ilości DNA, ponieważ ilość DNA otrzymana po etapie izolacji jest niewystarczająca do dalszych analiz. Reakcja PCR to kopiarka DNA – niewielką ilość DNA można zwielokrotnić do poziomu potrzebnego w badaniu. W trakcie reakcji wykorzystywana jest zdolność rozłączania się dwuniciowej helisy do pojedynczych nici DNA, do których przyłączają się odpowiednie startery i enzymy, które odbudowują nić.

Reakcję tę przeprowadza się w urządzeniu nazywanym termocyklerem. Przed umieszczeniem próbek w termocyklerze przygotowuje się je w odpowiednich komorach laminarnych, które zapobiegają kontaminacji, czyli zanieczyszczeniu.

Do Państwa DNA dodaje się mix specjalnych odczynników, który zawiera m.in. znakowane startery (primery), wolne nukleotydy, enzym polimeraza oraz bufor wspomagający cały proces. Aby dwuniciowa helisa mogła się rozdzielić do pojedynczych nici, podwyższa się temperaturę w termocyklerze do temperatury 96°C. Jest to tzw. denaturacja DNA. Przy niższej temperaturze, 59°C, do jednoniciowego DNA przyłączają się startery, które rozpoczynają odbudowanie nici. Odbudowanie nici, czyli jej wydłużanie (elongacja), zachodzi w temperaturze 72°C i jest możliwie dzięki enzymowi polimerazie, która pomaga połączyć się wolnym nukleotydom dostępnym w przygotowanej wcześniej mieszaninie reakcyjnej. Taki cykl powtarzany jest w termocyklerze ok. 30 razy.

Reakcja PCR jest bardzo wrażliwym procesem. Istotny jest dobór odpowiednich temperatur, odczynników, sprawność techniczna samego termocyklera, a także jakość próbki. Walidując, czyli potwierdzając gotowość procedury badawczej do wykorzystania jej do badań ojcostwa, laboratorium dokładnie przetestowało warunki reakcji, sprawność działania termocyklera w stopniu gwarantującym Państwu prawidłowy jej przebieg.

Rozdział elektroforetyczny DNA

Ten etap badania jest możliwy do realizacji w urządzeniach potocznie nazywanych sekwenatorami. W czasie elektroforezy cząsteczki DNA, obdarzone ładunkiem ujemnym, wędrują w kierunku elektrody o przeciwnym znaku. Fragmenty o różnym kształcie i wielkości migrują z różną prędkością (zasada jest taka, że mniejsze fragmenty DNA migrują szybciej wzdłuż kapilary).

W pewnym momencie następuje detekcja fragmentów DNA przy wykorzystaniu lasera zamontowanego w sekwenatorze. Detekcja jest możliwa m.in. dzięki temu, że do Państwa próbki na etapie amplifikacji dodano znakowane primery, które w rozdziale elektroforetycznym, potocznie określając, świecą. Na tym etapie laboratorium jest w stanie ocenić jakość Państwa próbki.

Dane z rozdziału elektroforetycznego analizowane są następnie przez specjalne oprogramowanie Genemapper, które pozwala na odczytanie wartości alleli w poszczególnych markerach. Na etapie obróbki danych w Genemapperze widoczny jest już Państwa kompletny profil genetyczny.

Analiza statystyczna

Dane po rozdziale elektroforetycznym są wykorzystywane do obliczenia prawdopodobieństwa ojcostwa w danym przypadku. Jest to bardzo istotny etap badania, ponieważ pozwala ustalić, czy prawdopodobieństwo ojcostwa jest na tyle wysokie, że można wydawać wynik graniczący z pewnością.

Według zaleceń Polskiego Towarzystwa Medycyny Sądowej i Kryminologii wiarygodne wyniki potwierdzające ojcostwo powinny mieć ustalone prawdopodobieństwo na poziomie co najmniej 99,9999%. W sytuacji, kiedy prawdopodobieństwo jest mniejsze niż 99,9999%, zaleca się zwykle włączenie do badania matki lub zwiększenie liczby badanych markerów.

W testDNA laboratorium Sp.z o.o. wykorzystuje się analizę aż 24 markerów genetycznych, stąd praktycznie w każdym przypadku uzyskiwane jest prawdopodobieństwo co najmniej 99,9999% – nawet wtedy, kiedy badamy tylko ojca i dziecko. Jeśli w badaniu dany mężczyzna został wykluczony jako biologiczny ojciec, laboratorium ma obowiązek powtórzyć badanie od początku na podstawie nowej próbki, a analiza jest prowadzona przez innego pracownika.

Wystawienie wyniku badania

W tym przypadku laboratorium również korzysta z autorskiego oprogramowania, które automatycznie generuje raport, zmniejszając zdecydowanie ryzyko wystąpienia błędu ludzkiego. Raport zawsze jest opracowywany i autoryzowany przez 2 osoby. Autoryzacji wyników mogą dokonywać tylko pracownicy posiadający odpowiednie upoważnienie.

Jak wygląda praca w naszym laboratorium

co dzieje się z próbkami w laboratorium

mgr Barbara Prokurat – z zawodu biotechnolog. Studia ukończyła w 2003 r. na Uniwersytecie Wrocławskim ze specjalizacją Genetyka Molekularna. Od 2012 r. pełni również rolę biegłego sądowego z zakresu ustalania ojcostwa i pokrewieństwa biologicznego w okręgu Sądu Okręgowego w Katowicach. Regularnie opracowuje ekspertyzy na zlecenie polskich sądów i prokuratury oraz policji.

Obecnie zajmuje stanowisko dyrektora ds. operacyjnych, nadzorując uczestnictwo w wielu międzynarodowych programach kontroli jakości badań wykonywanych przez testDNA Laboratorium sp. z o.o. Jest także pełnomocnikiem zarządu obejmującym swoim zakresem przygotowanie i nadzór nad wdrożeniem Systemu Zarządzania Jakością wg normy PN-EN ISO/IEC 17025, regulującej pracę laboratoriów badawczych.

Zobacz inne porady tego eksperta:

Analiza statystyczna – dlaczego jest tak ważnym elementem każdego testu na ojcostwo?
Dlaczego badanie ojcostwa z próbek śladowych wymaga dużej precyzji i doświadczenia?
Jakie informacje zawiera Państwa wynik testu na ojcostwo?
Dlaczego potwierdzenie ojcostwa następuje zawsze z prawdopodobieństwem 99,9999% a nie 100%?
Czy wynik prywatnego testu na ojcostwo może być wykorzystany w sądzie?

Bezpłatna rozmowa. Gwarantujemy indywidualne podejście do każdego pacjenta. Pomoc 6 dni w tygodniu: poniedziałek-piątek: 7:00-19:00, soboty: 9.00-17.00